In Magdeburgs Partnerstadt Braunschweig geboren, studierte Henning Ahlers an der Musikakademie Kassel und schloss sein Studium an der Essener Folkwang-Hochschule mit Auszeichnung ab. Währenddessen spielte er bereits im Orchester des Landestheaters Detmold und im Staatsorchester Kassel. Nach einem Engagement als stellvertretender 1. Oboist im Staatsorchester Braunschweig wechselte er 1991 – zunächst als Solo-Englischhornist, ab 1995 dann als Solo-Oboist – zur Magdeburgischen Philharmonie, wo er seitdem neben seiner Orchestertätigkeit regelmäßig auch als Konzertsolist in Erscheinung tritt. Dabei reicht sein Spektrum von barocken Werken wie Albinonis Oboenkonzert d-Moll und Bachs Doppelkonzert für Oboe, Violine und Orchester bis hin zu den modernen Oboenkonzerten von Richard Strauss und Ralph Vaughan Williams. Mehrfach war er auch als Solist in den Eröffnungskonzerten der Magdeburger Telemann-Festtage zu hören, so 2012 mit Telemanns Concerto B-Dur für zwei Traversflöten, Oboe, Violine und Orchester sowie 2016 mit der Ouvertürensuite D-Dur für Trompete, Oboe und Orchester. Gern stellt er sich neuen Herausforderungen und übernahm 2015 im Ballettabend Stabat Mater auf der Bühne einen szenischen Solopart mit Brittens Metamorphosen.
Daneben tritt Henning Ahlers regelmäßig als Kammermusiker in Erscheinung: Er ist Mitglied des Philharmonischen Bläserquintetts sowie des Trio d’Anches. Mit dem Philharmonischen Bläserquintett gastierte er in Basel und beim Santa Vittoria Festival im italienischen Fratte Rosa. Auch als Gast beim Rossini-Quartett ist er seit vielen Jahren im Rahmen der Musikalisch-literarischen Entdeckungsreisen entlang der Straße der Romanik unterwegs.
Die Vermittlung von klassischer Musik an Kinder liegt Henning Ahlers besonders am Herzen. So entwickelte er zusammen mit seiner Tochter Katharina die Komposition Von Drachen und Rittern für Sprecher und Bläserquintett für Kinder ab 4 Jahren, die 2015 in der Reihe Musikgeschichten im Wagnerfoyer uraufgeführt wurde. Er engagiert sich intensiv in den regelmäßig stattfindenden Instrumentenkunden der Magdeburgischen Philharmonie und eröffnete im Mai 2020 die neue digitale theaterpädagogische Reihe des Theaters Magdeburg, erklärt & ausprobiert. Im März 2022 wurde er für seine Verdienste von der Landeshauptstadt Magdeburg zum Kammermusiker ernannt.
Aktuelle Produktionen am Theater Magdeburg