Stephan Prattes wurde in Wien geboren und lebt in Berlin. Er studierte Bühnen- und Kostümgestaltung an der Universität der Künste Graz (Meisterklasse Hans Schavernoch) und assistierte unter anderem bei Martin Kušej, Christoph Schlingensief, Christian Stückl und Martin Zehetgruber.
1988 gründete und leitete er in Graz das österreichische Kinder- und Jugendtheater MKT-Theater als Regisseur, Ausstatter und Komponist. Darüber hinaus ist Stephan Prattes Ausstatter des schweizerisch-deutschen Comedy-Trios Die Geschwister Pfister.
Seit 1998 arbeitet er als freier Bühnen- und Kostümbildner sowie als Regisseur an zahlreichen renommierten Theatern und Opernhäusern in Österreich, Deutschland und der Schweiz, darunter Schauspielhaus und Oper Graz, Bühnen Köln, Schauspiel Frankfurt, Bar jeder Vernunft Berlin, Salzburger Landestheater, Theater Bern, Theater Aachen, Staatstheater Kassel, Staatstheater Braunschweig, Wintergarten Berlin, Festspiele Bad Hersfeld, Staatstheater Saarbrücken, Haus für Mozart Salzburg, Kammerspiele der Josefstadt Wien, Volksoper Wien, Ruhrtriennale, Vereinigte Bühnen Wien (Ronacher & Raimund Theater), Felsenreitschule Salzburg sowie die Komische Oper Berlin.
Als Bühnenbildner arbeitet er regelmäßig mit Regisseuren wie Nicolai Sykosch, Stefan Huber, Andreas Gergen, Christian Struppeck und Werner Sobotka zusammen. Zuletzt entwarf er das Bühnenbild für die europäische Neufassung des Musicals Evita von Andrew Lloyd Webber im Wiener Ronacher in Zusammenarbeit mit dem Choreografen und Regisseur Vincent Paterson. Bereits 2017 gestaltete er das Bühnenbild zur Welturaufführung des Musicals I Am from Austria von Rainhard Fendrich im Wiener Raimund Theater.
Als Regisseur inszenierte Stephan Prattes unter anderem L’elisir d’amore Opernhaus Wuppertal am Opernhaus Wuppertal, Im weißen Rössl in Österreich, Pariser Leben in der Oper Kiel sowie im Wintergarten Berlin die Erfolgsproduktion Am Rande der Nacht, eine Personality-Varietéshow mit Katharine Mehrling. Große internationale Aufmerksamkeit erhielt seine Japan-Revue Sayonara Tokyo, die im Wintergarten Berlin uraufgeführt und von Presse und Publikum gefeiert wurde. In der Spielzeit 25/26 ist er für das Bühnenbild der Musical-Produktion SCHOLL – Die Knospe der Weißen Rose verantwortlich.
Aktuelle Produktionen am Theater Magdeburg