Thomas Rupert wurde in Maastricht geboren. Auf ein Studium in Mode und Kostümbild an der Akademie der Schönen Künste in Antwerpen folgte ein weiteres in Theatergestaltung an der Kunstakademie in Maastricht. Von 1992 bis 1998 arbeitete Rupert erstmals als Bühnen- und Kostümbildner am Huis van Bourgondië in Maastricht; seit 1996 ist er Ausstatter für die Tanztheatergruppe Conny Janssen Danst. Darüber hinaus war er die letzten Jahre u. a. für die Regisseure Lodewijk de Boer, Hans Croiset, Antoine Uitdehaag, Andreas Kriegenburg und für die Theatergroep Hollandia, Het Nationale Toneel Den Haag, Het Toneel Speelt, Toneelgroep Oostpool und Introdans tätig. Auch für den Choreografen Nils Christe ist er bevorzugter Ausstatter. Seit 1998/1999 arbeitet er kontinuierlich mit der Regisseurin Alize Zandwijk zusammen, für die er u. a. am Ro Theater Rotterdam, am Thalia Theater Hamburg und am Deutschen Theater in Berlin Bühnen- und Kostümbilder entwarf. Für Sommergäste erhielt Thomas Rupert 2006 den Rolf-Mares-Preis der Hamburger Theater, mit Branden wurde er 2010 für den Wijnberg Bühnenbildpreis nominiert. Seit 1998 ist er Gastdozent an der Theaterakademie in Maastricht sowie an der Wimbledon School of Art London in der Abteilung Bühnenbild. Mit Ballettdirektor Jörg Mannes verbindet ihn eine langjährige Zusammenarbeit. Gemeinsam arbeiteten die beiden bei den Choreografien Schubert, Daphnis Lost Love und 1-2-3… Walzertrauma. Am Theater Magdeburg entwarf er in der Spielzeit 2022/2023 das Bühnenbild für Mannes’ Einstandsproduktion Verklärte Nacht/Mahler 4 und für Mannes’ Ballett Was ihr wollt.In der Spielzeit 2023/2024 folgt die Neuproduktion von Borgia.